おそらく、この2つが違うことはなんとなくは分かるはず。けど、実際説明するとなる意外と説明できないのかも…？　

まず！どちらとも平安時代で出てくる用語。 

摂関政治

10〜11世紀に藤原氏が天皇の外戚（祖父）となって摂政・関白を独占し、国政を左右した政治のこと。

院政

天皇が譲位後、自分の子を天皇に立て自らは上皇となって実質的に政権を握ること。

そして、院政を初めて行ったのはみなさんご存知白河天皇だね！
（→何のために？何でわざわざ上皇になったん？気になる人はhttp://withdom.jukendou.jp/articles/21を参照）

まとめ 

• 摂関政治は藤原氏が行ったもの。
• 院政は天皇が上皇となって行ったもの。

そもそも行う主体が違うんだね！